Oxfordin yliopiston vuonna 2016 julkaiseman tutkimuksen mukaan Pakolaisapu on ainoa Kampalassa toimiva kehitysyhteistyöjärjestö, joka keskittyy nimenomaan pakolaisten itse johtamien järjestöjen kapasiteetin kasvattamiseen. Tukemalla pakolaisten omia järjestöjä Pakolaisapu on vahvistanut merkittävästi Ugandaan saapuneiden pakolaisten toimijuutta ja mahdollisuuksia olla edistämässä kotoutumista uuteen ympäristöön.
Kampalassa ja pakolaisasutusalueille toimivat järjestöt ovat saaneet koulutusta mm. johtajuudesta, taloushallinnosta ja demokraattisesta päätöksenteosta. Lisäksi järjestöjä on tuettu taloudellisesti ja materiaalituella.
Järjestöjen antaman palautteen mukaan osallistujat ovat kokeneet koulutuksen osoittavan, että heidän tekemäänsä työtä arvostetaan ja sen merkitys ymmärretään. Työn tuloksena pakolaisjärjestöjen valmiudet etenkin hyvään hallintotapaan, strategiseen ja operationaaliseen suunnitteluun, budjetointiin ja raportointiin ovat kohentuneet merkittävästi.
Koulutuksissa opitut käytännöt ja niissä saatu tieto ovat monitoroinnin perusteella juurtuneet osaksi järjestöjen työtä. Työn tulokset näkyvät myös yksilötasolla: yli 80 prosenttia Pakolaisavun nuorisojohtajakoulutuksen osallistujista kertoi itseluottamuksensa ja omantunnonarvonsa kohentuneen koulutuksen ansiosta. Esimerkiksi vuonna 2016 työstä hyötyi 2195 pakolaisjohtajaa tai pakolaisryhmän jäsentä.